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EJEMPLO:
-El Jugador A (DECK ENDIMIÓN) activa el efecto de "Breaker el Guerrero Mágico" (Puedes retirar 1 Contador Mágico de esta carta, y después selecciona 1 Mágica/Trampa en el Campo; destruye ese objetivo.) para destruir una carta colocada en el Campo del Jugador B.
- El Jugador B (DECK CIBER DRAGÓN) activa el efecto de "Ciber Dragón del Infinito" (Una vez por turno, cuando es activada una carta o efecto (Efecto Rápido): puedes desacoplar 1 material de esta carta; niega la activación y, si lo haces, destrúyela.) para negar el efecto activado de "Breaker el Guerrero Mágico" y destruirlo.
- El Jugador A activa el efecto de "Endimión, el Poderoso Maestro de Magia" (Una vez por turno, cuando una Carta Mágica/de Trampa o efecto es activado (Efecto Rápido): puedes devolver a la mano 1 carta que controles con un Contador Mágico y, si lo haces, niega la activación, y, si haces eso, destrúyela.) devolviendo a la mano el propio "Endimión, el Poderoso Maestro de Magia" para negar el efecto de "Ciber Dragón del Infinito" y destruirlo.

LA PREGUNTA ES: qué efecto se negaría y como se resolvería.
Muchas gracias.

https://www.yugioh-card.com/lat-am/gameplay/fasteffects_timing.html
Por alguna razón esta página todavía está en inglés (at least when my mainly English computer views it...)
Cada vez que se activa un efecto desde un estado de juego abierto o en respuesta a una acción como una Invocación, se convierte en el Eslabón de Cadena 1. Luego, siguiendo un sistema de prioridad, los jugadores pueden usar cartas para responder al efecto anterior para construir más Eslabones de Cadena. Después de que ambos jugadores pasan, la cadena se resuelve comenzando con el último efecto que se activó. Si Endimión pudiera negar los efectos de los monstruos (Bestia Mítica Rey Chacal puede hacerlo), entonces negaría Infinito y Breaker se resolvería con éxito. Puedes ver que esto sucede en Master Duel.

Muchas Gracias greg503, el enlace me ha resultado de lo más útil y, tu respuesta también, me pasó el descrito caso y no sabía que hacer XD.
Ahora que entiendo ese caso, te pregunto, sino te importa, ¿Sucedería lo mismo (en el orden de prioridad y cadena) con "Ciber Dragón del Infinito" y "Dragón Oscuro de Ojos Rojos"? Por ejemplo si "Dragón Oscuro de Ojos Rojos" activa su efecto de destruir un monstruo en el Campo y "Ciber Dragón del Infinito" activa su efecto para negar ese efecto, pero cuando lo hace "Dragón Oscuro de Ojos Rojos" activa su segundo efecto de negar un efecto.
Es decir ¿Qué pasaría si los efectos encontraros fueran dos que tienen el efecto de negar el efecto de una carta?
De nuevo, muchas gracias por tu rápida respuesta y por el enlace, me está resultando muy útil!

Sí, los reglas de cadena applica para la mayoría de effectos, hay una pequeña cantidad de cartas como "Mano Izquierda del Mago" con effectos que puede interactuar con la cadena mientras se resuelve.